Alyson Lee Hannigan urodziła się w Waszyngtonie, 24 marca 1974. Zaczynała karierę jako model swojej matki, z zawodu fotografa, z którą w wieku czterech lat przeniosła się do Atlanty. Przez jakiś czas występowała w reklamówkach, min. MC Donalda czy ciasteczek Oreiro. W wieku jedenastu lat pod wpływem ojca przekonała swoją matkę do przeprowadzki do Kaliforni.
Jej kinowym debiutem była rola córki Dana Aykroyda w filmie "Moja macocha jest kosmitką". Następnie zagrała kilka gościnnych ról serialowych, np. w Roseanne. Grała też główną rolę w serialu "Free Spirit". W 1997 zaczęła grać w przebojowym serialu dla młodzieży, "Buffy the Vampire Slayer" (polski tytuł: "Buffy postrach wampirów"), grała tam genialną, aczkolwiek nieśmiałą uczennicę Willow Rosenberg. Następną jej znaczącą rolą była Michele Flaherty w dwóch częściach bardzo popularnej komedii młodzieżowej "American Pie" (w przygotowaniu część trzecia, "American Wedding" w której oprócz Alyson będzie można ponownie zobaczyć min. Jasona Biggsa grającego Jima i Seana Williama Austina który ponownie wcieli się w Stiflera).

W wolnym czasie Alyson lubi ćwiczyć kick-boxing, jeździć na rowerze i bawić się ze swoimi psami i kotami. Lubi też surfować po sieci i utrzymywać kontakt z fanami.

2003: American Pie: Wesele (American Wedding) jako Michelle Flaherty
2001: American Pie 2 jako Michelle
2000: Dziewczyny i chłopaki (Boys and Girls) jako Betty
1999: American Pie jako Michelle
1997: Buffy Postrach Wampirów (Buffy the Vampire Slayer (serial TV)) jako Willow Rosenberg
1996: Sprawa życia (Case for Life, A (TV)) jako Iris
1988: Moja macocha jest kosmitką (My Stepmother Is an Alien) jako Jessie Mills